Τα βακτηρίδια μπορούν φυσιολογικά να βρεθούν στο παχύ έντερο αμέσως μετά τη γέννηση.
Εισέρχονται από το περιβάλλον και ως εκ τούτου είναι ξένα στο νεογέννητο, αλλά εντελώς ακατάλληλες για τον άνθρωπο.
Τα καλούμε ως εντερική χλωρίδα.
Αυτοί οι μικροοργανισμοί (400 διαφορετικά είδη) ζουν αρμονικά μέσα στα έντερα του ξενιστή τους, εφόσον οι θρεπτικές και πεπτικές διεργασίες εκτελούνται ομαλά. Εάν, για παράδειγμα, εισάγονται μερικώς κομμάτια φαγητού στο παχύ έντερο, τα βακτήρια ζύμωσης και αποσύνθεσης αυξάνονται υπερβολικά και παράγουν τοξικές ουσίες και αέρια, με αποτέλεσμα μετεωρισμό και κοιλιακή δυσφορία.
Το τοξικο περιεχόμενο μπορεί να εισέλθει στο αίμα μέσω των λεπτών εντερικών και αγγειακών μεμβρανών, ειδικά εάν αυτές οι μεμβράνες είναι διαπερατές. Το εντερικό ανοσοποιητικό σύστημα και το ήπαρ μπορούν να εξουδετερώσουν την τοξική ύλη, εκτός και αν καταστούν κορεσμενα από αυτά.
Σε αυτή την περίπτωση, οι τοξίνες εισέρχονται στα όργανα της αποβολής, όπου προκαλούν χρόνιες διαταραχές (π.χ. λοιμώξεις της ουροδόχου κύστεως, επαναλαμβανόμενες λοιμώξεις του άνω αναπνευστικού συστήματος, δυσκοιλιότητα). Οι τοξίνες μπορούν πλέον να εισέλθουν σε κύτταρα και να προκαλέσουν διάφορες ασθένειες, ανάλογα με την ατομική διάθεση, εάν η διαδικασία συνεχίζεται.
Η διατροφή, οι ατομικές πεπτικές συνθήκες και οι διατροφικές συνήθειες (ειδικά η θρέψη υπό άγχος) μπορούν να προωθήσουν την ανάπτυξη ενός «τοξικού παχέος εντέρου».
Αυτές οι διεργασίες ζύμωσης και αποσύνθεσης υποχωρούν κατά την νηστεία, πράγμα που προσφέρει μεγάλη ανακούφιση στο ήπαρ και στο ανοσοποιητικό σύστημα
